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一、软件著作权登记登记的是什么
《计算机软件著作权登记办法》第三条规定：“本办法适用于软件著作权登记、软件著作权专有许可合同和转让合同登记。”根据该条规定软件著作权登记是：1、软件著作权，2、软件著作权专有许可合同，3、软件专有转让合同。也可以归为两类，著作权登记和合同登记，本文只探讨软件著作权登记。

二、软件著作权登记的意义
软件著作权登记以前的法律/法规规定更多的是体现是便于政府的行政管理，所以带有强制的行政命令色彩。软件著作权登记需要支付一定的登记费用的，而且登记的程序还是比较烦琐的。现在著作权登记已经不再是强制的要求，但是著作权登记还是有一些现实的意义。本文作者还是建议进行登记，基于以下几点理由：
1、作为软件得到重点保护的依据
《国务院关于印发鼓励软件产业和集成电路产业发展若干政策的通知》第三十二条规定：“国务院著作权行政管理部门要规范和加强软件著作权登记制度，鼓励软件著作权登记，并依据国家法律对已经登记的软件予以重点保护。”
2、作为税收优惠的依据
财政部、国家税务总局《关于贯彻落实〈中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》中对软件产品的税收优惠有详细的规定。该通知并不要求强制登记，但是规定：“对经过国家版权局注册登记，在销售时一并转让著作权、所有权的计算机软件征收营业税，不征收增值税。”
3、作为技术出资入股
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。现在有的地方更规定软件可以作价100%以技术出资的规定。不过一般都要求软件著作权应当取得登记。
4、作为申请科技成果的依据
科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明。”这里的登记可以理解为著作权的登记，其他部委也有类似规定，以软件申请技术成果应当递交软件登记证书。
除此之外软件著作权登记还有更为现实的意义，就是享有软件著作权证明作用。软件由一系列的代码组成，称为源代码，其可以无限制的复制。软件著作权所保护的是源代码。一般认为谁持有源代码，谁既是著作权人，由于源代码的可复制性，不象复制纸质材料那样，可以区分原始与复制件，假使源代码保密不严，就很难区分著作权人。如果尽早进行著作权登记，取得《软件著作权登记证书》，这就是初步的权利证明。在发生软件著作权争议时，是主张软件权利的有力武器，而要证明《软件著作权登记证书》并非真正软件著作权人，在举证上具有相当难度。在进行软件著作权贸易时，《软件著作权登记证书》有利于交易的顺利完成。

1.享受国家优惠政策：
办理软件著作权登记的企业可享受国家各种优惠政策，包括投融资、税收、出口政策等，具体可参见国务院18号文件;
2.”双软认定”的前提：
软件著作权登记是企业办理“双软认定”（软件产品登记、软件企业认定）的必要前提。信息产业部的《软件产品登记管理办法》的第七条第四款规定，软件登记时要提交知识产权证明。此知识产权证明即指《软件著作权登记证书》。
3.可作为技术出资入股：
《关于以高新技术成果出资入股若干问题的规定》规定：“计算机软件可以作为高新技术出资入股，而且作价的比例可以突破公司法20%的限制达到35%。”甚至有的地方政府规定“可以100%的软件技术作为出资入股”，但都要求必须首先办理软件著作权登记。
4.申请科技成果的依据：
科学技术部关于印发《科技成果登记办法》的通知第八条规定：“办理科技成果登记应当提交《科技成果登记表》及下列材料：（一）应用技术成果：相关的评价证明（鉴定证书或者鉴定报告、科技计划项目验收报告、行业准入证明、新产品证书等）和研制报告；或者知识产权证明（专利证书、植物品种权证书、软件登记证书等）和用户证明”。这里的软件登记证书指的是软件著作权登记证书和软件产品登记证书。其他部委也有类似规定。
5.企业破产后的有形收益：
软件著作权作为企业的“无形资产”，不会随企业的破产而消失。企业破产后，无形资产的生命力和价值仍然存在，可以在转让和拍卖中获取有形资金。
6.予以重点保护：
计算机软件著作权登记是我国著作权法规所规定的对计算机软件著作权保护的一项行政辅助管理措施，《计算机软件著作权登记办法》第二条和国务院18号文件均有规定，国家著作权行政管理部门鼓励著作权人进行计算机软件著作权登记，并对已登记的软件给予重点保护。
软件著作权登记文件是对登记事项的初步证明，对确定软件著作权的归属、理顺著作权关系、减少著作权纠纷以及打击非法盗版等有着积极的作用。